الادارة العامة:
-رئيس المركز
-المدير التنفيذي
وحدات المركز:
-وحدة العملية السياسية
-وحدة القضية الجنوبية
-وحدة الخليج العربي
-وحدة القرن الإفريقي
-وحدة التحولات الاجتماعية
-وحدة الدراسات الإستراتيجية والإعلامية
-وحدة استطلاع الرأي
-وحدة الرصد والتوثيق
-وحدة الحقوق والحريات
الإدارات :
-إدارة العلاقات العامة والإعلام
-الشؤون المالية والإدارية
-التأهيل والتدريب
-المشروعات الخاصة